Elk cursusjaar op het Comenius Lyceum Amsterdam is verdeeld in 4 perioden van ca. 9 weken (examenklassen kennen drie perioden met daarna het Centraal Examen). Aan het einde van elke periode ontvangt de leerling een cijferrapport. Gedurende deze weken wordt de geleerde stof regelmatig getoetst.
Het schooljaar wordt in alle leerjaren afgesloten met een toetsweek. Voor de onderbouw geldt dat alle vakken verplicht aan deze toetsweek deelnemen. De week daaraan voorafgaand is worden er geen toetsen afgenomen.

De school kent per vak voor de onderbouw een PTO (Programma van Toetsing in de Onderbouw) en voor de bovenbouw een PTA (Programma van Toetsing en Afsluiting). Daarin staan o.a. de gewichten van toetsen vermeld.
Soms mist een leerling een toets. Deze gemiste toets kan worden ingehaald, maar wel onder bepaalde voorwaarden. LET OP "Inhalen" is niet hetzelfde als "herkansen". Alleen leerlingen in de examenklassen kunnen SE-toetsen officieel herkansen (zie daarvoor de herkansingsregeling in het SE-reglement).
De voorwaarden gaat als volgt:
Als een leerling een toets, werkstuk, opdracht, enz. niet heeft gemaakt op het afgesproken tijdstip, noteert de docent in Magister het cijfer 1,1. Een leerling mag een gemiste toets alleen inhalen met schriftelijke toestemming van de afdelingsleider, aan te vragen binnen 10 schooldagen nadat de leerling weer op school is. Als de leerling het werk heeft ingehaald, wijzigt de docent de 1,1 in het werkelijk behaalde cijfer. Het cijfer 1,1 in Magister duidt dus altijd op een niet ingehaald werk.