Het Comenius Lyceum Amsterdam maakt onderdeel uit van de Amarantis Onderwijsgroep.  Binnen de Amarantis Onderwijs groep bestaan 5 groepen: 4 VMBO/MBO groepen (Utrecht, Amersfoort, Amsterdam Noord/West en Amsterdam Zuid/Oost) en de HAVO-VWOgroep.
De Amarantis-scholen voor voortgezet onderwijs

Het Comenius Lyceum Amsterdam werkt intensief samen met de andere havo-vwo-scholen van de Amarantis Onderwijsgroep:

• het Pieter Nieuwland College met CygnusGymnasium in Amsterdam Oost
  
• het Gerrit van der Veen College in AmsterdamZuid
• het Damstede College in Amsterdam Noord
  
• het Pascal College in Zaandam.
  

De HAVO/VWO groep wordt wisselend geleid door één van de rectoren van de HVgroep. Regelmatig gezamenlijk overleg draagt bij aan het bepalen van een  gemeenschappelijke koers,  aan de verbetering van ons onderwijs en zorgen voor gezamenlijk activiteiten die het aanbod van het hv-onderwijs verbreden en verdiepen.

Zo bestaat dit jaar de mogelijkheid om filosofie als eindexamenvak te volgen op één van de HV-scholen. Samen kunnen de hv-scholen zo'n bere interessant vak aanbieden, een school alleen zou dit nauwelijks kunnen.

Overwogen wordt om in de toekomst allerlei masterclasses aan te bieden op één van de locaties om de leerlingen beter voor te bereiden op het vervolgonderwijs op universiteit en hogeschool.

De Amarantis Onderwijsgroep is op 1 januari 2007 ontstaan uit een fusie van de voormalige ISA-scholen (vmbo, havo, vwo, gymnasium in Amsterdam en omstreken) en de ROC ASA-scholen (mbo iopleidingen in Amersfoort, Amsterdam en Utrecht). Binnen deze organisatie heeft iedere school zijn eigen identiteit en eigen naam.
De scholen voor voortgezet onderwijs (VMBO/HAVO/VWO)  zijn zo verdeeld dat in elke windstreek elke vorm van v.o.-onderwijs kan worden gevolgd.

De VO en MBO scholen die tot de Amarantis Onderwijsgroep behoren werken nauw samen, leerlingen kunnen zo gemakkelijk doorstromen.Zo stromen veel leerlingen van het Meridiaan College (vmbo-t) door naar het Comenius Lyceum Amsterdam. En het omgekeerde geldt ook: als een leerling niet op de juiste plek blijkt te zitten op het CLA, dan is een overstap naar bijvoorbeeld het Meridiaan College probleemloos.

De dagelijkse leiding van de Amarantis Onderwijsgroep is in handen van het College van Bestuur, onder voorzitterschap van dhr. drs. L.J. Molenkamp.

Het College van Bestuur is bereikbaar op:

Het College van Bestuur staat onder toezicht van een Raad van Toezicht.